El 2 de Marzo de 1995, en el DOF se publicó la Reforma al 4o. Párrafo del Art. 28 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos.

El 12 de mayo de 1995, es promulgada la Ley Reglamentaria del Servicio Ferroviario.

La SECODAM mediante el DOF del 23 de diciembre de 1999 destina a la SCT los inmuebles de la vía general de comunicación ferroviaria del Istmo de Tehuantepec.

El 3 de Marzo de 1999, la SHCP autoriza la constitución de la Empresa de Participación Estatal Mayoritaria Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec, S.A. De C.V.El FIT se constituyó como S.A de C.V. el 19 de octubre de 1999, con el objeto de:

Operar la vía general de comunicación ferroviaria de Medias Aguas, Ver. a Salina Cruz, Oax.

Construir, operar y explotar el tramo de Medias Aguas, Ver. a Coatzacoalcos, Ver.

El 2 de marzo de 1995 se publicó en el Diario Oficial de la Federación, la reforma al cuarto párrafo del artículo 28 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, para sustituir el régimen de participación exclusiva del Estado en la prestación del servicio ferroviario por otro que permita la participación del sector privado y, como consecuencia de ello, se promulgó el 12 de mayo del mismo año la Ley Reglamentaria del Servicio Ferroviario con objeto de establecer el marco regulatorio fundamental para esta actividad, La Secretaría de Contraloría y Desarrollo Administrativo, mediante Acuerdo publicado en el Diario Oficial de la Federación del 23 de diciembre de 1999,destinó al servicio de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes los inmuebles que constituyen la vía general de comunicación ferroviaria del Istmo de Tehuantepec. Así como los inmuebles donde se encuentran las instalaciones para la prestación de servicios auxiliares, según se define y especifica a éstos en la propia Ley Reglamentaria del Servicio Ferroviario, con objeto de que esta dependencia otorgue sobre dichos inmuebles las asignaciones y permisos respectivos en términos de lo dispuesto por la citada Ley Reglamentaria del Servicio Ferroviario.

La Secretaría de Hacienda y Crédito Público, previa opinión favorable de la Comisión Intersecretarial de Gasto Financiamiento (acuerdo 99-VIII-1, de fecha 3 de marzo de 1999), autorizó la constitución de la empresa de participación estatal mayoritaria Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec, S.A. De C. V. cuyo objeto social consiste principalmente en la operación y explotación de la vía general de comunicación ferroviaria del Istmo de Tehuantepec y la prestación de Servicios auxiliares. El Ferrocarril del Istmo de Tehuantepec, S. A. De C. V., se constituyó como sociedad Anónima de capital variable el 19 de octubre de 1999, con el siguiente objetivo:

Operar y explotar la vía general de comunicación ferroviaria, que corresponde a la vía férrea de Medias Aguas, Ver. A Salina Cruz, Oax. Dicha vía general de comunicación ferroviaria, comprende la vía férrea, el ancho del derecho del vía, los centros de control de tráfico y las señales para operación ferroviaria. La construcción, operación y explotación del tramo de Medias Aguas, Ver. A Coatzacoalcos, Ver., conforme al proyecto ejecutivo autorizado por la Secretaría de Comunicaciones y Transportes.